Основной:
  Здесь ничего нового, кроме того, что немного увеличился период пребывания  Саске у Орочимару, а, следовательно, персонажи уже повзрослели и стали сильнее. Каждый пытается определиться и занять свою нишу, в их юных головах начинают роиться совсем не детские мысли. Страх сменяет ненависть, дружбу - зависть, любовь перерастает в желание, а преданность в фанатизм.
  Орочимару решает не использовать на Саске технику переселения души в назначенный срок, и оставляет его при себе, переселившись в тело другого шиноби. За три года тренировки младшего Учихи, амбиции санина возрасли, и он решает с помощью Саске заполучить тело Учихи Итачи, таким образом убив двух зайцев, взять реванш за прошлое поражение, да еще и при помощи родного брата Итачи, и заполучить более сильное тело. В крайнем случае, если и эта задумка не осуществится, Саске всегда под рукой,  так или иначе, но Орочимару получит тело Учихи, и не важно какого.
  Во всем мире Наруто отнюдь не идет тихая и спокойная жизнь:
Коноха - борьба за власть.
  Отбившись от нападения Орочимару и защитив хвостатого Наруто от Акацук, Тсунаде обращает свой взор внутрь селения, которое уже давно ведет внеклановые распри, слабо заметные на фоне происходящих событий. И вот как раз в мирное время Коноху начинает раздирать внутренняя междоусобица. Видя такую обстановку в селении, Тсунаде пытается загладить конфликты и решает отвлечь представителей кланов от их распрей. Сплотить селение может только или нападение на него внешних врагов или... ответные военные действия. Решив, что это оптимальный вариант ( Орочимару зализывает раны, а Акацуки заняты разработкой своих грандиозных планов), Тсунаде всерьез занимается захватом соседних более слабых селений и увеличением своей мощи, постепенно теряя своих союзников. Но ее действия не приносят положительного результата, увеличение потерь среди шиноби Конохи только настраивает против нее жителей. "Пятая" постепенно теряет свой статус и начинает тихо спиваться в компании своего "вечного друга" Джирайи. По Конохе начинают ползти слухи о ее ближайшей отставке, но Тсунаде их игнорирует и продолжает (пытается) в полной мере исполнять обязанности Хокаге.
  Сильнейший, на данный момент, в селении клан Хьюга начинает борьбу за власть, пытаясь всячески дискредитировать Хокаге и сместить ее с должности. К нему примыкают более слабые кланы, в надежде в грядущих распрях отхватить себе лакомый кусок.
  Наруто продолжает свои тренировки у жабьего отшельника, все более отдаляясь от окружающих, пытаясь разобраться в своих чувствах и найти контакт со своим Кьюби. Джирайя, как-то, будучи во хмелю выбалтывает ученику правду о битве демонов, и том, что заточившим в него Кьюби, был ни кто иной, как его отец - 4 Хокаге, передавший своему сыну великую силу.
Суна - смена предпочтений.
  Казекаге недовольно смотрит на действия Конохи, по отношению к другим селениям, понимая, что их союзу скоро может прийти конец. А это значит, что он вместо сильного союзника может получить более мощного и опасного врага, защититься от которого самостоятельно Суна не сможет. Как нестранно взор его падает на неприметное Селение Скрытого Звука, сделку с которым уже заключал предыдущий Казекаге Песка. Тем более Гаара боится повторного нападения Акацук, в прошлый раз их попытка провалилась, Гаара был спасен Наруто, прежде чем акацки успели извлечь демона. Он тайно начинает проводить переговоры с Ото, все еще сохраняя союз с Конохой.
  Но более или менее мирную жизнь Суны нарушает внезапное вторжение акацук и появление шиноби Листа, которые помогают Казекаге отбить нападение. Это подталкиваеи Гаару снова менять позицию...
Ото - рост амбиций.
  Орочимару наблюдает за Конохой, не вмешиваясь и предпочитая дождаться, когда селение ослабнет или расколется на несколько частей. Видя повышенный интерес к Ото Суны, Орочимару решает выслушать предложение песчаников.
  Тем временем в логове у санина отнюдь не славная идиллия, хотя все проблемы связаны с младшим Учихой. Орочимару закрывает глаза на проделки неугомонного "мстителя", считая, что можно, и простить замашки Саске, лишь бы осуществить задуманное. И он совсем не замечает, что  молодой Учиха стал долгие вечера проводить в незаметной хижине, предположительно встречаясь Учихой Мадарой. Орочимару продолжает самозабвенно экспериментировать с техниками, пытаясь создать новый геном. Кабуто сквозь пальцы смотрит на действия санина, считая их пустой тратой времени.
  К акацукам у санина остается прежнее отношение и он старается всячески их истребить, причем, как всегда чужими руками.
Акацуки - движение к цели.
В Акацуках, благодаря неусыпному контролю лидера, спокойно и тихо. Они медленно продвигаются к своей цели, приобретая все большее влияние. Только Итачи все больше отдаляется от деятельности организации, преследуя свои цели, за ним как всегда следует преданный Кисами. Да еще и Какудзу замечает произошедшие перемены в Тоби, тот уже не будит как обычно по утрам всех Акацук и не готовит им завтрак, сам подчас просыпаясь после обеда, да и что-то он перестал постоянно клянчить деньги на непредвиденные расходы. Какудзу делится своими подозрениями с Хиданом и они решают устроить слежку за маленьким недотепой. Но все же разногласия в организации растут с явным преимуществом у спокойствия...